Reeds in de jaren '70 van de 19e eeuw ontstond de wens om een nieuwe Koopmansbeurs voor Amsterdam te bouwen. Door allerlei oorzaken (politiek, economische tegenslag, discussie over het juiste ontwerp) duurde het nog tot 1898 dat Berlage aangewezen werd als architect, en kon beginnen met bouwen. In die periode heeft Berlage meerdere ontwerpen gemaakt voor het beursgebouw. In die ontwerpen is heel duidelijk een versoberende ontwikkeling waar te nemen, die eindigt in het gebouw zoals wij dat nu ook kennen. Door de tekeningen wordt het mede ook inzichtelijk waarom Berlage door velen als de vader van de moderne 20e eeuwse architectuur wordt gezien, en de Beurs als het fysieke begin van die moderne Nederlandse architectuur.
De eerste tekening voor een nieuwe Beurs maakt Berlage samen met zijn toenmalige compagnon Sanders. Dit ontwerp ademt de rijke sfeer van de 19e eeuw. Rijk aan decoratie en vol van verwijzingen naar de stijl van de Gouden Eeuw, de zogenaamde Hollandse Renaissance. Het ontwerp doet sterk denken aan -wel gerealiseerde- gebouwen als de Stadsschouwburg en het Stedelijk Museum van Amsterdam. Dit ontwerp was de inzending voor de door Amsterdam uitgeschreven prijsvraag, waarvoor 199 inzendingen werden ontvangen, uit binnen- en buitenland. Berlage en Sanders werden gehonoreerd met een 4e plaats. Maar de prijsvraag leidde tot niets, ook het ontwerp van de winnaar, de Franse architect Le Cordonnier, werd niet gerealiseerd.
Voor de tweede ronde van de prijsvraag (tekening 2) maakte Berlage een ontwerp dat al een veel soberder vorm heeft. De basisvorm voor het definitieve ontwerp is wel al goed te zien.
Het volgende ontwerp (tekening 3) is ook duidelijk eenvoudiger dan de eerste versie. De gevelverdeling aan het Damrak uit tekening 2 is grotendeels gebleven. De spitse toren en de entrée aan het Beursplein zijn echter nog steeds rijk gedecoreerd, maar doen nu eerder gotisch aan, en doen sterk denken aan een kerk. De toren is aanzienlijk hoger dan in het definitieve ontwerp.
In de volgende stap (tekening 4) komt het definitieve ontwerp nog dichterbij. De spitse toren is vervangen door een rechte toren, alhoewel er bovenop deze toren een opmerkelijk traptorentje te zien is. Berlage zit duidelijk in een experimentele fase, hij is op zoek naar een nieuwe stijl. Het toelaten van een toch wat onbeduidend traptorentje op een zo monumentale toren suggereert reeds een rationalistische, functionele insteek. Dit ontwerp doet enigszins denken aan zijn gebouwen voor verzekeraar De Nederlanden in Amsterdam en Den Haag, waar Berlage's zoeken naar een nieuwe stijl ook duidelijk zichtbaar is.
Uiteindelijk (tekening 5) komt Berlage tot het robuuste gebouw dat wij nu kennen. De toren is minder hoog geworden en oogt daardoor stoerder, het gekke traptorentje is verdwenen. De gevel aan het Beursplein is veel vlakker dan de eerste ontwerpen, maar functioneert met de klokketoren nog steeds duidelijk als 'hoofdingang'. De beluchtingstorens aan het Damrak geven de ingang van de Schippersbeurs aan.
De ontvangst van Berlage's schepping was over het algemeen niet positief. De sobere stijl werd door het publiek niet gewaardeerd. De Beurs werd onder andere vergeleken met een roverskasteel. In de loop der jaren echter werd het gebouw steeds meer gewaardeerd en langzamerhand kreeg het ook haar eigen, bijzondere naam, van Koopmansbeurs naar "Beurs van Berlage", dit natuurlijk ook ter onderscheid van de Effectenbeurs. In de jaren 60 werd er vanuit de raad geopperd de Beurs te slopen, ten gunste van een nieuw, modern kantoor voor de Kamer van Koophandel, of zelfs een parkeergarage. Protesten hebben deze plannen gelukkig kunnen voorkomen. Tegenwoordig wordt het baanbrekende werk door de meeste architectuurhistorici erkend. De Beurs werd een inspiratiebron voor de Amsterdamse School (alhoewel die zich afzette tegen de soberheid van Berlage). Dudok werd een belangrijke opvolger van Berlage. De Beurs deed z'n invloed ook gelden in het buitenland; onder andere Ludwig Mies van der Rohe heeft aangegeven zeer beinvloed te zijn door de Beurs van Berlage.